東京大学の附属施設の一つで、植物に関する様々な研究を行っている。

本園と分園がある。本園は東京都文京区白山三丁目にあり、一般には小石川植物園（こいしかわしょくぶつえん）と通称されている。国の名勝および史跡に指定されている。栃木県日光市に分園があり、こちらは一般には日光植物園と通称されている。